A Faculdade de Medicina e de Ciências Biomédicas tem estabelecido nos últimos anos diversos protocolos de colaboração com reputadas instituições regionais, nacionais e internacionais:
- Administração Regional de Saúde do Algarve (ARS Algarve)
- Centro Hospitalar do Algarve
- Santa Casa de Misericórdia de Portimão
- Unidade Local de Saúde do Litoral Alentejano
- Grupo Hospital Particular do Algarve
- Clínica Sagrada Esperança
- Laboratório Regional de Saúde Pública Dr.ª Laura Ayres
- Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge
- Hospital Garcia da Horta
- Hospital de Loures
- Centro Hospitalar de entre o Doutro e Vouga
- Centro Hospitalar do Alto Ave
- Centro Hospitalar Lisboa Norte
- Unidade Local de Saúde do Baixo Alentejo
- Ministério da Saúde (Cuidados Paliativos)
- Instituto Nacional de Medicina Legal
- Centro de Medicina de Reabilitação da Região Centro
- Hospital Nossa Senhora do Rosário
- Associação Protectora dos Diabéticos
- Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Nova de Lisboa
- Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa
- Advanced Psychmetrics for Transitions Incorporated
- Flinders University
